Los orígenes de la natación de competición en la comarca del Bidasoa son relativamente recientes. La falta de instalaciones adecuadas para la práctica de esta modalidad, hace que los entusiastas de este deporte busquen cobijo en otros lugares.
Es en la temporada 88/89, y coincidiendo con la entonces reciente construcción del Polideportivo Municipal de Irún, cuando se dan los primeros pasos para la constitución de un Club de Natación.
El C.D. BIDASOA cuya actividad principal era el Balonmano,contaba también con una sección de Halterofilia. Aficionados a la natación proponen al entonces Presidente del C.D.BIDASOA , Beñardo Garcia,la incorporación a su Club de una nueva actividad. Se acoge la idea con estusiasmo y nace así la Sección de Natación del C.D.BIDASOA. 52 nadadores la integran. Se inicia una andadura forjada para el éxito.
Los comienzos son difíciles. La estructura y el potencial financiero escasos. El tesón de nadadores y tutores impulsan el proyecto. Poco a poco se va tecnificando. Surgen turbulencias en el seno de la Sección, y el proceso todavía embrionario se fragmenta. En el año 91 se produce la escisión. Un grupo de nadadores abandonan el Club, pero el BIDASOA sigue.
Se trabaja con miras al futuro y paso a paso se va creando una estructura tanto técnica como de gestión que van asentando y fortaleciendo la Sección.
Tras puntuales apariciones en los Campeonatos de Guipúzcoa y Euskalherría, con escaso número de nadadores, el estallido se produce en la temporada 93/94 al ganar el equipo femenino el Campeonato de Guipúzcoa Absoluto, condición que persiste en la actualidad.
Un año más tarde , temporada 94/95, se alcanza el galardón de "Mejor Club Guipuzcoano", distinción que siete años más tarde , todavía se mantiene. La progresión es permanente y en la temporada 95/96 se asciende a la 1ª División de la LIGA DE EUSKALHERRIA DE CLUBES.
En la 96/97 se proclama "Campeón de Guipúzcoa Absoluto", y el equipo femenino "Campeón de Euskalherría Absoluto".
Desde el inicio de los años 90 , ha sido constante la participación femenina en las diferentes categorías de los Campeonatos de España, pero es en la temporada 97/98 cuando se produce la primera participación masculina en dichos campeonatos.
Se siguen acumulando triunfos y galardones. La temporada 98/99 es especialmente fructífera. Se consigue ser por vez primera" Campeón de la Liga de Euskalherría de Clubes", "Campeón Absoluto de Guipúzcoa , Masculino" y "Campeón Absoluto de Euskalherría".
En el siguiente ejercicio, 99/00 , el equipo masculino alcanza el "Campeonato de Euskalherría Absoluto", uniéndose así al que ya ostentaba el equipo femenino. En esta misma temporada , el equipo femenino que dominaba claramente la natación autonómica, consigue participar en la " Copa de España de Clubes ", en 2ª División. Su primera incursión no puede ser más relevante, pues consigue el ascenso a 1ª División.
El equipo femenino comienza a destacarse claramente en el panorama estatal. En la temporada 00/01 toma parte en la 1ª División de la "Copa de España de Clubes", la gana , y asciende a la máxima categoría, División de Honor.
Esta temporada también será crucial para la sección de Natación en aspectos extradeportivos. Por razones de desarrollo se inician los trámites para que la natación tome cuerpo propio convirtiéndose en un Club exclusivo. Será en Octubre del 2001 cuando la sección de natación se segrega de su Club nodriza, convirtiéndose en el " CLUB BIDASOA XXI ".
Los primeros pasos tras el cambio estatutario no pueden ser mejores, puesto que en el "Campeonato de España Absoluto de Invierno" de la temporada, el relevo femenino de 4x50 m. Libres se proclama campeón, y establece Récord de España Absoluto de la prueba.
Han pasado 13 años desde que se inició la actividad de la natación el la comarca del Bidasoa. De los 52 nadadores iniciales se han pasado a 140. Muchas han sido las personas, nadadores, técnicos, directivos, que con su esfuerzo y dedicación han contribuído a hacer del "BIDASOA" lo que hoy es :
- Mejor Club Guipuzcoano, desde 1995.
- Campeón de Guipúzcoa Absoluto, desde 1997.
- Campeón de Liga de Euskalherría de Clubes, desde 1998.
- Campeón de Euskalherria Absoluto, desde 1999.
- Campeón femenino de la Copa de España de Clubes , en 2001.
- Récord de España Absoluto en relevo 4x50 libres, femenino, conseguido en diciembre 2001.
- Mejor equipo de Euskalherria en el ranking de la F.E.N.
- Participaciones masculinas y femeninas en las distintas categorías de los Campeonatos de España tanto individualmente como en relevos.
- Medallas individuales en Campeonatos de España.
- Medallas en relevos en Campeonatos de España.
- Récords de Guipúzcoa.
- Récords de Euskalherria.
- Récords de España.